กรมตำรวจ แต่เดิมอยู่ภายใต้การกำกับดูแลของกระทรวงมหาดไทย การปฏิบัติหน้าที่ของตำรวจจึงอยู่ภายใต้ข้อบังคับกระทรวงมหาดไทย ว่าด้วยระเบียบการดำเนินคดีอาญา พ.ศ.๒๕๒๓ ต่อมา ได้มีพระราชกฤษฎีกาโอนกรมตำรวจ ไปจัดตั้งเป็นสำนักงานตำรวจแห่งชาติ ประกอบกับมีพระราชบัญญัติปรับปรุง กระทรวง ทบวงกรม พ.ศ.๒๕๔๖ มาตรา ๔๖ (๗) บัญญัติให้ สำนักงานตำรวจแห่งชาติ ไม่สังกัดกระทรวงใดหรือสำนักนายกรัฐมนตรี และพระราชบัญญัติตำรวจแห่งชาติ พ.ศ.๒๕๔๗ มาตรา ๖ ให้ขึ้นตรงต่อนายกรัฐมนตรี
เมื่อมีพระราชบัญญัติให้ใช้ประมวลกฎหมายวิธีพิจารณาความอาญา แก้ไขเพิ่มเติม (ฉบับที่ ๒) พ.ศ.๒๕๔๘ มาตรา ๕ บัญญัติให้ ประธานศาลฎีกา นายกรัฐมนตรี รัฐมนตรีว่าการกระทรวงมหาดไทยและรัฐมนตรีว่าการกระทรวงยุติธรรม รักษาการตามพระราชบัญญัตินี้ โดยให้ประธานศาลฎีกามีอำนาจออกข้อบังคับ และนายกรัฐมนตรี รัฐมนตรีว่าการกระทรวงมหาดไทย และรัฐมนตรีว่าการกระทรวงยุติธรรม มีอำนาจออกกฎกระทรวงเพื่อวางระเบียบการงานตามหน้าที่ให้การดำเนินคดีอาญาเป็นไปโดยเรียบร้อย ทั้งนี้ ในส่วนที่เกี่ยวข้องกับอำนาจหน้าที่ของตน
คณะกรรมการกฤษฎีกา (คณะที่ ๑) มีความเห็นในข้อหารือของสำนักงานตำรวจแห่งชาติ ว่า นายกรัฐมนตรีมีอำนาจออกกฎกระทรวง หรือ ผบ.ตร. มีอำนาจวางระเบียบหรือทำคำสั่งเฉพาะเรื่องให้ข้าราชการตำรวจหรือพนักงานสอบสวนปฏิบัติการเกี่ยวกับการใช้อำนาจหรือการปฏิบัติหน้าที่ตามประมวลกฎหมายวิธีพิจารณาความอาญาหรือกฎหมายอื่นได้ ดังนั้น กรณีที่มีเนื้อหาใดในข้อบังคับกระทรวงมหาดไทย และหนังสือสั่งการของรัฐมนตรีว่าการกระทรวงมหาดไทย ขัดหรือแย้งกับกฎกระทรวงหรือระเบียบที่จะออกขึ้นใหม่ เนื้อหานั้นก็ย่อมสิ้นผลใช้บังคับลงตามหลักกฎหมายใหม่ยกเลิกกฎหมายเก่า
ผบ.ตร. จึงใช้อำนาจตามมาตรา ๑๑ (๔) แห่ง พ.ร.บ.ตำรวจแห่งชาติ พ.ศ.๒๕๔๗ ออกคำสั่ง ตร.ที่ ๔๑๙/๒๕๕๖ ลง ๑ ก.ค.๒๕๕๖ เรื่อง การอำนวยความยุติธรรมในคดีอาญา การทำสำนวนการสอบสวน และมาตรการควบคุม ตรวจสอบ เร่งรัดการสอบสวนคดีอาญา "บทที่ ๔ เรื่อง มาตรการควบคุม ตรวจสอบ เร่งรัดการสอบสวนคดีอาญา" ข้อ ๒.๖ อำนาจการควบคุมการสอบสวน บัญญัติมีใจความสำคัญว่า ให้ผู้บังคับการ ผู้บัญชาการ ผู้บัญชาการตำรวจแห่งชาติ มีอำนาจเข้าควบคุมการสอบสวนได้ทุกคดี และถือว่าเป็นหัวหน้าพนักงานสอบสวนตามมาตรา ๑๘ วรรคท้าย และมาตรา ๑๔๐ แห่ง ป.วิ.อ. ภายในเขตอำนาจ คำสั่งดังกล่าวจึงมีผลให้ข้อบังคับกระทรวงมหาดไทย ข้อ ๑๒.๔ ข้อ ๑๒.๕ และ ข้อ ๑๒.๖ ซึ่งมีเนื้อหาขัดหรือแย้ง สิ้นผลให้บังคับลง
นอกจากนี้ การสอบสวนคดีอาญากรณีพิเศษบางประเภท ตามคำสั่ง ตร. ที่ ๔๑๙/๒๕๕๖ ลง ๑ ก.ค.๒๕๕๖ ซึ่งได้แก่ การสอบสวนคดีวิสามัญฆาตกรรมและที่เกี่ยวข้อง การสอบสวนคดีเกี่ยวกับป่าไม้และทรัพยากรธรรมชาติอื่น ๆ การสอบสวนคดีที่มีการร้องขอความเป็นธรรม และการสอบสวนคดีที่ข้าราชการต้องหาคดีอาญา มีใจความว่า
"คดีที่ปลัดกระทรวงมหาดไทย ผู้ว่าราชการจังหวัด นายอำเภอ หรือปลัดผู้เป็นหัวหน้าประจำกิ่งอำเภอ ใช้อำนาจเข้าควบคุมการสอบสวนตามข้อบังคับกระทรวงมหาดไทย ว่าด้วยระเบียบการดำเนินคดีอาญา พ.ศ.๒๕๒๓ ข้อ ๑๒ แก้ไขเพิ่มเติมโดยข้อบังคับกระทรวงมหาดไทย ว่าด้วยระเบียบการดำเนินคดีอาญา (ฉบับที่ ๕) พ.ศ.๒๕๓๖ ข้อ ๔
ให้พนักงานสอบสวนผู้รับผิดชอบรายงานรายละเอียดตามลำดับชั้นถึงสำนักงานตำรวจแห่งชาติ ภายใน ๗ วัน พร้อมทั้งความเห็นไปด้วย
ส่วนคดีอาญาที่มีกฎหมายบัญญัติไว้โดยเฉพาะ หรือมีข้อตกลงพิเศษกับหน่วยงานราชการอื่น เกี่ยวกับวิธีการสอบสวน พนักงานสอบสวนและระยะเวลาการสอบสวน ให้เป็นไปตามบทบัญญัติของกฎหมาย ข้อตกลงและระเบียบนั้น ๆ ที่ได้กำหนดแนวทางการดำเนินการไว้โดยเคร่งครัดด้วย (ตัวอย่างเช่น กฎกระทรวงกำหนดการสอบสวนความผิดอาญาบางประเภทในจังหวัดอื่นนอกจากกรุงเทพมหานครโดยพนักงานสอบสวนฝ่ายปกครอง พ.ศ.๒๕๕๔ และ กฎกระทรวงกำหนดการสอบสวนความผิดอาญาบางประเภทในจังหวัดอื่นนอกจากกรุงเทพมหานครโดยพนักงานสอบสวนฝ่ายปกครอง พ.ศ.๒๕๕๕ ฉบับที่ ๒)"
เห็นได้ว่า พนักงานสอบสวนฝ่ายตำรวจในระดับสถานีตำรวจไม่สามารถยอมรับการเข้าควบคุมการสอบสวนของฝ่ายปกครองได้ในทันที แต่ต้องรีบรายงานไปยังสำนักงานตำรวจแห่งชาติ พร้อมทั้งความเห็น เพื่อให้ผู้บังคับบัญชาพิจารณาสั่งการก่อนทุกคดี
เมื่อมีพระราชบัญญัติให้ใช้ประมวลกฎหมายวิธีพิจารณาความอาญา แก้ไขเพิ่มเติม (ฉบับที่ ๒) พ.ศ.๒๕๔๘ มาตรา ๕ บัญญัติให้ ประธานศาลฎีกา นายกรัฐมนตรี รัฐมนตรีว่าการกระทรวงมหาดไทยและรัฐมนตรีว่าการกระทรวงยุติธรรม รักษาการตามพระราชบัญญัตินี้ โดยให้ประธานศาลฎีกามีอำนาจออกข้อบังคับ และนายกรัฐมนตรี รัฐมนตรีว่าการกระทรวงมหาดไทย และรัฐมนตรีว่าการกระทรวงยุติธรรม มีอำนาจออกกฎกระทรวงเพื่อวางระเบียบการงานตามหน้าที่ให้การดำเนินคดีอาญาเป็นไปโดยเรียบร้อย ทั้งนี้ ในส่วนที่เกี่ยวข้องกับอำนาจหน้าที่ของตน
คณะกรรมการกฤษฎีกา (คณะที่ ๑) มีความเห็นในข้อหารือของสำนักงานตำรวจแห่งชาติ ว่า นายกรัฐมนตรีมีอำนาจออกกฎกระทรวง หรือ ผบ.ตร. มีอำนาจวางระเบียบหรือทำคำสั่งเฉพาะเรื่องให้ข้าราชการตำรวจหรือพนักงานสอบสวนปฏิบัติการเกี่ยวกับการใช้อำนาจหรือการปฏิบัติหน้าที่ตามประมวลกฎหมายวิธีพิจารณาความอาญาหรือกฎหมายอื่นได้ ดังนั้น กรณีที่มีเนื้อหาใดในข้อบังคับกระทรวงมหาดไทย และหนังสือสั่งการของรัฐมนตรีว่าการกระทรวงมหาดไทย ขัดหรือแย้งกับกฎกระทรวงหรือระเบียบที่จะออกขึ้นใหม่ เนื้อหานั้นก็ย่อมสิ้นผลใช้บังคับลงตามหลักกฎหมายใหม่ยกเลิกกฎหมายเก่า
ผบ.ตร. จึงใช้อำนาจตามมาตรา ๑๑ (๔) แห่ง พ.ร.บ.ตำรวจแห่งชาติ พ.ศ.๒๕๔๗ ออกคำสั่ง ตร.ที่ ๔๑๙/๒๕๕๖ ลง ๑ ก.ค.๒๕๕๖ เรื่อง การอำนวยความยุติธรรมในคดีอาญา การทำสำนวนการสอบสวน และมาตรการควบคุม ตรวจสอบ เร่งรัดการสอบสวนคดีอาญา "บทที่ ๔ เรื่อง มาตรการควบคุม ตรวจสอบ เร่งรัดการสอบสวนคดีอาญา" ข้อ ๒.๖ อำนาจการควบคุมการสอบสวน บัญญัติมีใจความสำคัญว่า ให้ผู้บังคับการ ผู้บัญชาการ ผู้บัญชาการตำรวจแห่งชาติ มีอำนาจเข้าควบคุมการสอบสวนได้ทุกคดี และถือว่าเป็นหัวหน้าพนักงานสอบสวนตามมาตรา ๑๘ วรรคท้าย และมาตรา ๑๔๐ แห่ง ป.วิ.อ. ภายในเขตอำนาจ คำสั่งดังกล่าวจึงมีผลให้ข้อบังคับกระทรวงมหาดไทย ข้อ ๑๒.๔ ข้อ ๑๒.๕ และ ข้อ ๑๒.๖ ซึ่งมีเนื้อหาขัดหรือแย้ง สิ้นผลให้บังคับลง
นอกจากนี้ การสอบสวนคดีอาญากรณีพิเศษบางประเภท ตามคำสั่ง ตร. ที่ ๔๑๙/๒๕๕๖ ลง ๑ ก.ค.๒๕๕๖ ซึ่งได้แก่ การสอบสวนคดีวิสามัญฆาตกรรมและที่เกี่ยวข้อง การสอบสวนคดีเกี่ยวกับป่าไม้และทรัพยากรธรรมชาติอื่น ๆ การสอบสวนคดีที่มีการร้องขอความเป็นธรรม และการสอบสวนคดีที่ข้าราชการต้องหาคดีอาญา มีใจความว่า
"คดีที่ปลัดกระทรวงมหาดไทย ผู้ว่าราชการจังหวัด นายอำเภอ หรือปลัดผู้เป็นหัวหน้าประจำกิ่งอำเภอ ใช้อำนาจเข้าควบคุมการสอบสวนตามข้อบังคับกระทรวงมหาดไทย ว่าด้วยระเบียบการดำเนินคดีอาญา พ.ศ.๒๕๒๓ ข้อ ๑๒ แก้ไขเพิ่มเติมโดยข้อบังคับกระทรวงมหาดไทย ว่าด้วยระเบียบการดำเนินคดีอาญา (ฉบับที่ ๕) พ.ศ.๒๕๓๖ ข้อ ๔
ให้พนักงานสอบสวนผู้รับผิดชอบรายงานรายละเอียดตามลำดับชั้นถึงสำนักงานตำรวจแห่งชาติ ภายใน ๗ วัน พร้อมทั้งความเห็นไปด้วย
ส่วนคดีอาญาที่มีกฎหมายบัญญัติไว้โดยเฉพาะ หรือมีข้อตกลงพิเศษกับหน่วยงานราชการอื่น เกี่ยวกับวิธีการสอบสวน พนักงานสอบสวนและระยะเวลาการสอบสวน ให้เป็นไปตามบทบัญญัติของกฎหมาย ข้อตกลงและระเบียบนั้น ๆ ที่ได้กำหนดแนวทางการดำเนินการไว้โดยเคร่งครัดด้วย (ตัวอย่างเช่น กฎกระทรวงกำหนดการสอบสวนความผิดอาญาบางประเภทในจังหวัดอื่นนอกจากกรุงเทพมหานครโดยพนักงานสอบสวนฝ่ายปกครอง พ.ศ.๒๕๕๔ และ กฎกระทรวงกำหนดการสอบสวนความผิดอาญาบางประเภทในจังหวัดอื่นนอกจากกรุงเทพมหานครโดยพนักงานสอบสวนฝ่ายปกครอง พ.ศ.๒๕๕๕ ฉบับที่ ๒)"
เห็นได้ว่า พนักงานสอบสวนฝ่ายตำรวจในระดับสถานีตำรวจไม่สามารถยอมรับการเข้าควบคุมการสอบสวนของฝ่ายปกครองได้ในทันที แต่ต้องรีบรายงานไปยังสำนักงานตำรวจแห่งชาติ พร้อมทั้งความเห็น เพื่อให้ผู้บังคับบัญชาพิจารณาสั่งการก่อนทุกคดี